香港理工大學康復治療科學系提供的職業治療學理學碩士學位課程（Master of Science in Occupational Therapy Programme, MScOT），是香港唯一專為職業治療師設計的深造課程。課程旨在提升及加強在職的職業治療師對臨牀理論、臨牀技巧及臨牀科研的知識與應用。自2001年起，本碩士課程不僅吸引本地職業治療師修讀，亦吸引來自內地、新加坡、菲律賓和台灣等非本地的職業治療師報讀。
學生可以根據個人學習計劃，選擇以一年全日制或兩年半兼讀制修畢30學分的科目，以完成碩士課程，當中包括24個學分的必修和選修科目，以及6個學分的項目研究及研究論文撰寫。必修科目中除了統計及研究設計的科目外，學生亦有機會修讀有關理論基礎和不同專科範疇實踐的科目，以提升學生的臨牀論證和實踐技能，其中包括進階職業治療理論、工作職能康復和神經心理康復等科目。各個科目由康復治療科學系的教授及臨牀導師帶領，並會邀請業界的臨牀專家講學及傳授臨牀的知識。此外，學生可選擇在系內的教授指導下，以個人或小組研習方式完成自定的目標為本項目，從而滿足學生的個人學習需要。學生在必修和選修科目外，還需在教授的指導下以個人或小組形式進行科學研究項目，及撰寫相關的研究論文，以符合畢業的要求。
據職業治療學理學碩士學位課程的畢業生的反饋，課程的設計及內容能增進他們的職業治療專業知識和臨牀實踐技巧，改善其復康服務的質素，提升職場上競爭力，並對日後在本地或海外深造或就業有莫大的幫助。
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