【香港中文大學生物醫學學院專輯】
新冠肺炎疫情肆虐全球,對香港中文大學(下稱「中大」)基因組學及生物信息學課程主任徐國榮教授來說,這疫情為社會進行了一次大規模的群眾教育,不但讓市民自發進行新冠病毒測試,連帶其他生物醫學的基因測試亦多人問津。中大早已洞悉業界及社會的未來發展需要,早於2011年已推出本地首個專門培訓有關專才的「基因組學及生物信息學理學碩士」課程,讓畢業生能同時兼備生物醫學知識與電腦技術於一身,成為基因組及生物信息專才,把所學應用於疾病篩查、診斷、精準醫療、研發藥物、醫療管理等不同範疇,為人類健康出力。
基因組科學技術的應用愈趨廣泛,但多年來認識的人卻不多。徐教授坦言,昔日市民大眾對疾病檢測感抗拒,令基因(DNA)測試難以推廣,但經歷蔓延全球的新冠疫情,令市民對個人健康、生物醫學的基因測試等的關注度也有所提高。「如最近明顯多了市民接受糞便微生物組測試,檢測是否有腸道疾病。」大眾有感預防勝於治療,故更願花錢購買健康產品,甚至做基因測試。他深信,這將加快生物醫學及檢測行業的發展步伐約3至5年!
基因組科學技術應用趨普及 迎精準醫療大趨勢
生物醫學可以把基因測試的分析結果,應用於疾病篩查、診斷、精準醫療,以至藥物研發等醫療範疇,而基因組學及生物信息學技術則是生物醫學的核心。徐教授稱,近年席捲全球的「精準醫療」概念,正是未來醫療發展的大方向。
「『精準醫療』已廣泛應用在癌症、精神科疾病等方面。它強調由預防、診斷到治療,都要透過病人基因組檢測與分析,以便制定個別的治療方案,有助提升醫療效率及準確度。」
公私營推動基因組醫學發展 料測試5年普及
徐教授指出,發展生物醫學已是大勢所趨,大量新創投基金(VC)紛紛轉向投資生物醫學、新生物技術項目不斷展開,還有現時每個月也有新成立的生物科技公司,「其中基因測試公司更如雨後春筍,目前數目已達逾30間,相信將有更多新公司的成立。」
政府亦成立了香港基因組中心,投放12億元推行為期6年的「香港基因組計劃」,為4萬名病因不明病人及癌症病人做基因組測序:「計劃只是試點,成果將會應用於醫院,將來病人入院都要做基因測試,每間醫院均會開設基因部門。」
此外,大量資金投入研究,令基因測試技術發展漸趨成熟,促使技術成本不斷下降。「10多年前,做一套基因組排序測試成本索價數萬元,現在花2,000元已能做整套基因組排序!」徐教授預料,相關測試價格很快跌破千元,5年內將全民普及。
港基因醫學水平高 中大培育基因組科學技術專才
香港的基因醫學處世界頂級水平,全球頂尖醫學期刊《新英倫醫學雜誌》選出2019年度10大最矚目研究文章中,中大就有3篇基因研究文章上榜。中大在培育有關專才也不為餘力,由生物醫學學院開辦的「基因組學及生物信息學理學碩士」課程,是目前本港唯一的基因分析人才培訓碩士課程。
擔任課程主任的徐教授表示,基因組學及生物信息學主要是通過電腦技術分析DNA,並從分析眾多數據信息中取得結果,應用於不同醫療範疇。課程涉獵跨學科知識,欲報讀課程者,需做好心理準備。「生物背景學生不愛計數,課程要學用Linux打代碼,如想入行便要克服對電腦的恐懼!」
課程吸引不同背景者入讀,多數擁有醫療及生物背景,包括現職醫生、生物技術員、IT從業員,以及生物與生化系畢業生等。「近2至3年多了於醫院任職的醫學實驗室技術員報讀課程,為工作晉升及應付未來所需鋪路。」
碩士課程設8科 由淺入深 融會所學
上述課程已納入教資會「指定研究院修課課程獎學金計劃」的合資格課程,會為10名本地學生提供獎學金。課程設有8個科目,學生在首個學期會修讀「電腦程式設計概論」、「生物運算」、「分子生物及遺傳學概論」及「基因組學:基本概念和應用」4個基礎科目,學習電腦編程基礎知識及生物信息的基本操作。
大部分學生皆欠缺電腦編程知識,一般會對「電腦程式設計概論」、「生物運算」科目感到困難,故課程特設導修課,以協助學生趕上學習進度。
學生在第二個學期修讀3個進階科目,學習生物信息理論及實際的基因分析操作,了解不同數據應如何處理,並利用不同的生物信息軟件對基因及蛋白質序列作出比對及深入分析。學生更要完成個人「研究項目」,跟隨教授處理原始基因數據,把7科知識融會貫通,應用所學。
課程涉獵跨學科訓練,徐國榮教授提醒,有意報讀課程者宜做好心理準備,需學習電腦程式技術、生物醫學知識、分析數據等。
業界專家任教 設多元體驗機會
徐教授說,學院網羅了多位業界專家任教碩士課程,團隊包括美國生物信息博士、華大基因研究院副院長,並會招募校內精通基因組學及生物信息學的教授擔任「研究項目」導師。
為開闊學生眼界,課程會舉辦海外交流活動,過去曾安排學生赴新加坡及韓國首爾交流,參觀當地基因公司及大學基因研究,讓同學了解行業現况及技術發展趨勢:「新加坡的測試質量控制做得很好,韓國團隊則合作性強,這些都值得我們學習與反思。」徐教授透露,計劃於2022年初帶學生到日本進行交流。
畢業生出路 銀彈攻勢爭奪生物信息專員
生物醫學前景明朗,造就大量相關職位空缺,尤其擁有基因分析技術的生物信息專員(Bioinformatics Specialist)更是吃香,徐教授說,單是香港基因組中心便需要數十位這方面的專才,加上未來每間醫院或會新增相關職位,還有生物醫學/科技公司、化驗所、藥廠、大學研究機構等都在招聘相關人才,這些都為課程畢業生造就大量工作及發展機會。
徐教授指出,現時畢業生起薪點約22,000至24,000元,在人才供不應求下,企業都發動銀彈攻勢搶人:「有畢業生入職22,000元,一年後被挖角,人工跳升至32,000元。」
香港以外,其他國家地區也在爭奪生物信息專員人才,對於有志到海外發展或移民者,具備基因組學及生物信息學技能存優勢,相信不難於海外覓得工作。徐教授分享,有校友最近在美國獲得生物科技公司取錄;亦有畢業生獲英國劍橋大學取錄,進修博士課程。
畢業生分享:從興趣出發 工作發揮所長 助事業轉型
基因組科學是一門嶄新技術,啟發了不少人對研習此技術的興趣,包括何子雋醫生(Tom)和具備IT背景的黃志然(Kenneth),兩人修畢「基因組學及生物信息學理學碩士」課程後,對他們的事業發展有何幫助?
Tom:從自學到接受系統化培訓 填補知識盲點
個人背景:2015年於香港大學畢業後,曾於東區醫院病理學部及衛生署衛生防護中心傳染病處任職,現時任職醫院管理局中央科技辦公室行政經理,負責引進先進醫療科技,亦旁涉遺傳及基因組服務策略。
大學畢業後,Tom隨即加入醫療界,對分子演化和基因組學抱有濃厚興趣的他,於在學及公餘時亦參與相關研究,並自學生物信息學,然而發覺單憑自學,實在難以滿足個人的求知欲,激發他報讀中大的「基因組學及生物信息學理學碩士」課程:「希望透過有系統的學習,能填補自己知識上的盲點,也能獲得相關正式資歷。」
他分享,上述碩士課程主要以面授課堂形式進行,配合大量有啟發性的練習;講師和教授更是生物科技和基因組學上卓有成就的研究人員和學者:「有幹細胞基因組學的李天立教授、產前無創診斷的孫昊教授,以及新世代基因測序的業界權威劉心教授等。」他感謝講師和教授的循循善誘,助他打好生物信息學技巧的根基,以及引導同學按個人工作需要和興趣,在特定課題進一步深究。
研究項目滿挑戰 公共衛生學以致用
對Tom來說,「研究項目」一科既富有意義,亦充滿他挑戰性。他回想,當時適逢2019新型冠狀病毒傳染病大爆發,在衛生防護中心的工作也特別繁重,較難分配時間,幸而在指導老師徐國榮教授的鼓勵和協助下,與香港大學微生物學系袁國勇教授及葉植恩博士團隊合作,用改良的k-mer分析法推導出可以精確偵測新冠病毒的核酸探針,並成功刊登於具影響力的國際科學期刊呢!
「整個研究的過程不但要和瞬息萬變的全球疫情、歐美的國外研究等爭分奪秒,也要把課程中所學的生物信息學及基因組學知識學以致用。」能透過此課程為病人和公共衛生作出一點貢獻,讓他倍感意義。
課程實用具啟發性 持續進修醫療管理學科
修讀此課程對Tom啟發良多,如教授們對於基因組學前沿的一些見解和分析,對他現時任職醫院管理局中央科技辦公室行政經理,特別是在從事科技管理方面有很大用處。
喜愛追求知識的他,正繼續進修與醫療管理的相關學科。他認為,生物信息和基因組學已是現今醫學不可或缺的一環,故他希望能進一步了解如何辨別和選取成熟可行的基因組學科技,並從資源、安全性和企業風險管理的角度推動有關技術得以廣泛採納。
Kenneth:IT人進修尋突破 事業轉型貢獻人類健康
個人背景:修畢香港大學「計算機科學理學碩士」課程後,一直任職IT界,曾任職銀行、電訊公司、科技公司、玩具廠等,由程式員到晉升至管理層;及後在港大教授的介紹下,轉到生物資訊公司任職軟件工程師。現時於生物科技公司任職生物信息專員。
工作遇到瓶頸,如何尋求個人突破?於IT界打滾多年的Kenneth,透過進修中大的「基因組學及生物信息學理學碩士」課程,滿足對探求新知識的興趣之餘,亦令事業成功轉型。
他曾分別經歷2000年科網股泡沫爆破公司倒閉遭遣散,以及任職了10多年的家族玩具廠因式微而2015年結束營運,面對中年求職,加上IT技術發展日新月異,作為「過來人」的他認為,首要是學會放下身段,調整心態,以及增進技能層面,以強化個人的就業能力。
興趣着手 積極面對學習困難
中學時已對生物、醫學很感興趣,喜愛閱讀相關課外讀物的Kenneth,決定循興趣着手,入讀「基因組學及生物信息學理學碩士」課程。面對同學來自五湖四海,大部分也是任職醫療界,藉着課堂討論能擦出不同火花與觀點。
放下書包已久的他不諱言,要急起直追,惡補生物醫學知識。由於入讀課程時,他正正於生物資訊公司任職,涉及使用Python程式,對學習方面不無幫助。「生物信息學的理論和演算法」是極具挑戰性的一科,是生物信息學的核心技術部分,內容涉獵相關基礎理論、概念及不同應用。「人類基因組內包含約30億個遺傳密碼,設計精密,若能掌握基因組學及生物信息學技術,有助探索人體生命的奧秘。」
研究項目促成為生物信息專員
對Kenneth來說,修讀此課程的最大收穫莫過於是獲得研究項目指導老師蘇漢昌教授的賞識,加入他有份開設的初創生物科技公司,成為生物信息專員,絕對是始料未及!
Kenneth分享在擬定研究項目題目時,剛巧與蘇教授計劃展開的研究項目相關,「我以透過基因檢測來預測遺傳性複雜疾病的發病機率為題目,希望了解箇中潛在風險, 有助及早做好疾病預防的工作。」要完成研究項目絕非易事,當中遇上很多挑戰,包括開發演算法、優化程式碼以提升執行速度等,憑着堅毅不屈的鬥志,終於一一克服。
他認為,基因組科學技術有很大的發展空間,將來希望能發揮所學,研發更多相關新技術,貢獻人類健康。
香港中文大學生物醫學學院—「基因組學及生物信息學理學碩士」課程
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